Kementerian Agama telah mengeluarkan edaran resmi untuk mengurus Syarat Permohonan Izin Pondok Pesantren. Pengurusan izin operasional untuk pondok pesantren bisa diajukan melalui Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota masing-masing.
Dalam keputusan Direktur Jenderal (Dirjen) Pendidikan Islam Nomor 3668 Tahun 2019 disebutkan bahwa pesantren yang memiliki minimal 15 santri wajib mendaftarakan ke Kankemenag Kabupaten/Kota.



Alur Pendaftaran Pondok Pesantren
- Pesantren menyampaikan dokumen permohon dan persyarakat ke Kantor Kementerian Kabupaten/Kota
- Pihak Kankemenag akan melakukan verifikasi dan validasi
- Jika memenuhi persyarakat, Kankemenag akan menerbitkan surat pengantar persetujuan ke Kanwil Kemenag Provinsi
- Kanwil Kemenag Provinsi akan melakukan telaah dan jika memenuhi persyaratan yang berlaku akan menerbitkan surat rekomendasi persetujuan yang dikembalikan ke Kankemenag untuk selanjutnya diajukan ke Ditjen Pendidikan Islam
- Kankemenag menyampaikan permohonan ke Ditjen Pendidikan Islam
- Ditjen Pendidikan Islam akan menerbitkan SK Penetapan NSPP dan dikembalikan ke Kankemenag
- Kankemenag akan menerbitkan SK Penetapan dan Piagam Izin Operasional
- Selanjutnya SK Penetapan dan Piagam Izin Operasional diserahkan ke Pondok Pesantren
Dokumen Persyaratan Permohonan Izin Pondok Pesantren
- Untuk mengajukan izin operasional Pondok Pesantren bisa melengkapi persyaratan berikut:
- Surat Permohonan (Asli)
- Formulis Pengajuan (Asli)
- Surat Pernyataan Komitmen Pemenuhan Arkanul Ma'had dan Ruuhul Ma'had (Asli)
- Bukti Kepemilikan Tanah Hak Milik atau Wakaf (salinan)
- Surat Keterangan Domisili dari Desa/Kalurahan (Asli)
- Bagi penyelenggaran pendidikan formal wajib memiliki legalitas yayasan atau lainnya dari notaris, pengesahan dari kementerian berweang, dan salinan NPWP
Seluruh persyaratan tersebut dikirimkan ke Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota sesuai domisili Pondok Pesantren. [KM/02 | sumber : kemenag.go.id]